В 1872 году Arinobu Fukuhara — в прошлом главный фармацевт японского флота — основал аптеку "Shiseido". После поездки в США и Европу, Arinobu расширил сеть аптек, превратив одну из них в бизнес-ресторан "Shiseido Parlour".

Позже детище Arinobu стало специализироваться на косметике. "Shiseido" стал первой косметической линией, благодаря которой японцы узнали о тональном креме телесного цвета и других средствах, корректирующих тон лица. До того в стране Восходящего солнца выпускались пудры только белого цвета. Затем компания выпустила легкое увлажняющее молочко с матирующим эффектом.

Одно из самых первых средств этой линии — "Eudermine" — до сих пор продается во всех магазинах "Shiseido". Молочко было разработано специально для того, чтобы женщины перестали использовать вредные свинцовые белила.

В 1923 году компания продолжает расширяться. В 1927 "Shiseido" образовывается в целостную компанию. В 1957 году продукция "Shiseido" начинает продаваться в Тайване, а затем в Сингапуре и в Гонконге. В 1962 году косметика "Shiseido" появилась на Гаваях, а три года спустя была основана "Shiseido Cosmetics America". Затем компания завоевала европейский и новозеландский рынки. На данный момент у Shiseido порядка 25 тыс. точек розничной продажи.